Secuenciación de alto rendimiento para el estudio de comunidades microbianas asociadas a plantas

Resumen del minicurso:

En este mini curso se presentará, desde el contexto de interacciones planta-microorganismos, aspectos relacionados al diseño de experimentos, preparación de muestras y librerías para secuenciación y análisis de datos de estudios de comunidades microbianas.

Específicamente el curso presentará una introducción a estudios de comunidades microbianas, incluyendo introducción de términos relacionados, como microbioma y metagenómica y revisión de las plataformas de secuenciación de ácidos nucléicos disponibles actualmente. Luego se presentarán aspectos a ser considerados durante el diseño experimental, incluyendo número de muestras, selección de plataforma de secuenciación, selección de marcadores moleculares y capacidad de procesamiento de muestras. Se presentará también los pasos para preparación de muestras y librerías de secuenciación, poniendo énfasis en la importancia de controles y los diferentes componentes que pueden afectar los resultados de este tipo de experimentos. Finalmente, se presentarán consideraciones del análisis bioinformático de los resultados, incluyendo un componente práctico, en dónde los asistentes al curso tendrán la oportunidad de procesar datos generados anteriormente.

 

Expositor:

 Dra. Soledad Benitez
OHIO University
Estados Unidos

Doctora en Patología de Plantas, Universidad Estatal de Ohio; MS en Patología de Plantas, Universidad Estatal de Ohio; BS en Ciencias de la Biología, Pontificia Universidad Católica del Ecuador. Me especializo en estudios de diversidad y función del suelo y microorganismos asociados a plantas y sus contribuciones al crecimiento de las plantas. Específicamente, combino el campo, el trabajo de laboratorio y los análisis computacionales para explorar cómo las prácticas de manejo de la tierra afectan las interacciones microbio-microbio y planta-microbio en la interfaz suelo-planta y sus efectos en la salud de la planta. Utilizo la microbiología clásica y las técnicas de patología vegetal; la secuenciación de próxima generación y la investigación de microbioma de alto rendimiento; experimentos de invernadero y de campo para evaluar la salud de las plantas; y análisis computacional requeridos para integrar secuencias de próxima generación y datos de campo.

Fecha:

25 al 29 de junio

Lugar:

Laboratorios de Computación. ESPE Matriz

Hora:

LM 14:00 – 16: 00h

X 09:00 – 16: 00h